《洞洞杂货店》是一部充满奇幻色彩的治愈系漫画，与《洞洞杂货铺》共享世界观但独立成篇，讲述转学生苏小冉在老城区迷路时发现了一扇只有手掌大小的小门——洞洞杂货店。这家店比普通店铺小十倍，店主是一位身高仅80厘米的神秘老人阿洞先生，出售的物品也都袖珍而奇妙——能让人梦见故人的迷你香囊、能听见植物说话的拇指风铃、能让坏心情变成彩色气泡的微型万花筒。苏小冉在被缩小后进入店内，每购买一件袖珍物品，就会获得一段关于“微小事物中蕴含的巨大情感”的温暖经历，她也在缩小的视角中重新审视了自己与世界的距离。
苏小冉要搬家了，最后一次来到洞洞杂货店。阿洞先生送她一个袖珍行李箱，里面装着她在这里所有回忆的迷你复刻——第一个香囊、第一枚风铃、第一只万花筒。苏小冉变回正常大小后把小行李箱挂在书包上，那是她永远带得走的家。
苏小冉买了一只“生灵风铃”，能够听见微小生命的对话。她听到了窗台上一群蚂蚁在为死去的同伴举行葬礼，庄严而肃穆。她哭着在蚂蚁墓前放了一粒米，阿洞先生说：“生命的重量从不因大小而不同。”
一个男孩哭着来买能找回东西的“寻物哨子”，他要找的是奶奶大衣上掉的一颗纽扣。苏小冉帮他缩小后在整间屋子找了一天，终于在地毯绒毛深处找到了。男孩把纽扣缝回大衣时对空气说“奶奶你看，扣子回来了”。
雨季来临，洞洞杂货店推出了一款能撑开在茶杯里的袖珍雨伞，据说能挡住所有坏心情。苏小冉买了一把送给被校园霸凌后躲在厕所哭的同桌，同桌接过那把巴掌大的小红伞时破涕为笑，说这是她收过最奇怪的礼物。
苏小冉鼓起勇气喝下阿洞先生给的缩小药水，世界在她眼前瞬间膨胀——板凳变成了广场，铅笔成了梁柱。她在巨大的书桌上寻找一枚遗失的耳钉，那枚耳钉是她去世的母亲留下的，她用了一整天终于把它从一个卷笔刀里拖了出来。
苏小冉转学第一天就在老城区迷路了，大雨中她看到墙壁上有一扇巴掌大的小门在发光。她鬼使神差地伸出手指敲了敲，门开了，一个拇指大小的老人探出头说：“终于有人看见我们了——要进来坐坐吗？”